Excepto Costa Rica, que constituyó una conquista tardía, Centroamérica fue dominada en los años veinte del siglo XVI por expediciones que penetraron desde México y Castilla del Oro, donde existían numerosos conquistadores sin oficio. Las acciones comenzaron desde Panamá. No en vano se había conquistado antes que México. Desde allí, Pedrarias envió en 1516 algunas incursiones a la costa pacífica de Costa Rica y Nicaragua, pero la primera expedición importante fue la de Gil González Dávila, quien había capitulado con la Corona un viaje a las Molucas. Formó compañía con el piloto Andrés Niño, el tesorero Alonso Puente y Cereceda y partió de las islas de las Perlas en 1522. Al llegar a Costa Rica, se internó hasta los cacicazgos de Nicoya y Nicarao. Finalmente, pasó al golfo de Chorotega, bautizado como Fonseca, y regresó a Panamá. En una segunda incursión, realizada en 1524, Gil González Dávila llegó por la costa hondureña hasta Puerto Caballos, fundando San Gil de Buena Vista. Poco después, arribó también a Honduras Francisco Hernández de Córdoba a quien Pedrarias Dávila había enviado a Nicaragua para anexionarla a su gobernación de Castilla del Oro. Hernández de Córdoba había cruzado Costa Rica y fundado en Nicaragua las ciudades de Granada y León. 

En cuanto a la penetración desde México, se inició en 1523, cuando Cortes envió al sur a Alvarado y a Olid para conquistar Guatemala y Honduras respectivamente. Alvarado, antiguo lugarteniente de Cortés en la conquista de México y su duplicado como figura de conquistador, había oído hablar excelencias a los aztecas sobre Cuauhtemallán, territorio donde vivían los indios quichés y cakchiqueles. Solicitó su conquista y salió de Tenochtitlan con una gran hueste: 160 caballeros, 300 peones, artillería y muchos indios tlaxcaltecas, cholultecas y aztecas. Siguiendo las rutas comerciales indígenas llegó hasta Tehuantepec. Luego, por la costa, pasó a la región de Zapotitlán, desde donde intimó a los quichés a rendirse. En Quetzaltenango libró la primera gran batalla, seguida de otra cerca de la sierra, en la cual murió uno de los cuatro señores de Utatlán (quizá Ahau-Cothá o Ahtzic-Vinac-Ahau, a quien el Popol Vuh llama Vinac-Bam). La leyenda dice que una vez muerto, el señor de Utatlán se convirtió en quetzal. Al llegar luego a Utatlán, fue recibido con gran cortesía. Una embajada le pidió entrar en la ciudad, donde le esperaba un gran banquete. Alvarado sospechó que se trataba de una encerrona (probablemente era así) y decidió curarse en salud quemando a los reyes quichés y a la ciudad. Causa verdadero asombro la falta de humanidad con que describió esta terrible acción: «Viendo que con correrles la tierra y quemársela no los podía atraer al servicio de Su Majestad, determiné quemar a los señores….y mandé quemar la ciudad». Era el 7 de marzo de 1524. 
Alvarado atravesó luego el territorio cakchiquel con dirección a Iximché, su capital. Allí fue bien recibido y firmó una alianza. Tras someter a los zutujiles, atacó a sangre y fuego Izcuintepeque sin leer a sus habitantes el Requerimiento, lo que le valió una grave acusación posteriormente. El capitán español penetró luego por Sonsonate en lo que hoy es El Salvador. Herido en un combate ocurrido en Acajutla y tras ocupar Cuzcatlán, regresó a Iximché, donde fundó la Villa de Santiago de los Caballeros de Guatemala (1524). 

La conquista había llegado aparentemente a su fin y las tropas mexicanas regresaron a su país. Alvarado impuso entonces un gran tributo en oro a los cakchiqueles, lo que motivó la rebelión de éstos. Para combatirles tuvo que recurrir a los quichés, pero aún así la sublevación duró cinco largos años, durante los cuales hubo gran número de víctimas. Guatemala quedó conquistada en 1530. 

En cuanto a la expedición de Cristóbal de Olid a Honduras (las Hibueras), donde debía buscar además un estrecho interoceánico, fue más desafortunada. Olid fue a Cuba para preparar mejor su hueste y allí se entendió con Velázquez, concertando ambos la conquista de Honduras. El 3 de mayo del mismo año, Olid fondeó cerca de Puerto Caballos iniciando desde allí la exploración del territorio. No tardó mucho en aparecer Francisco de las Casas, enviado por Cortés para castigar a Olid por su traición. Las Casas naufragó al llegar y cayó en manos de Olid, quien asimismo logró apresar a Gil González Dávila. Los prisioneros conspiraron contra él y lograron darle muerte, marchando luego ambos a México. 

Vino luego el fracasado episodio de la expedición de Cortés a las Hibueras, que ya conocemos, y finalmente la llegada de Hernández de Córdoba, enviado por Pedrarias. Córdoba mordió también la manzana de la discordia que se cultivaba en la zona y se rebeló contra su Gobernador, pretendiendo quedarse con la conquistada Nicaragua y hasta de Honduras, si se le bríndaba la ocasión. El viejo Pedrarias -tenía más de 80 años- tomó un barco en Panamá tan pronto como supo la noticia (enero de 1526) y se presentó en Nicaragua, donde apresó al capitán rebelde en Granada y le ajustició en León. Pedrarias se anexó entonces Nicaragua y pretendió hacer lo mismo con Honduras, cuyo gobernador Diego López de Salcedo se le enfrentó, llegando finalmente ambos a un acuerdo de límites. Tanto Salcedo como Pedrarias, emprendieron grandes batallas para someter a los naturales. Posteriormente, Honduras afrontó muchos conflictos promovidos por los propios españoles que se resolvieron cuando el territorio fue anexado a la gobernación de Guatemala.

Fuente: http://www.artehistoria.jcyl.es/historia/contextos/1520.htm